神医大梦带着书童嫩弟云游到玄远镇山中寻找可贵的药材，在山中搭救了名医（曾为宫中御医）孟长天之女孟秋永，也碰上孟长天因为从盗墓贼姚三手中买的有毒黑灵芝无故医死了杨老太。为了清洗孟长天的罪名，大梦运用自己的医术和聪明才智帮助昏官赵不醒破获了一起由杨老太之孙杨玉引起的黑灵芝冤案，洗清了孟长天的罪名并得到了孟秋水的爱慕，两人一起云游海角天涯。